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定量方法

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21七月十七日星期四的新提交

[1] 必威精装版App西汉姆联arxiv:2106.15733[pdf其他]
标题:用于精确数据分析的双量子相干电子自旋共振光谱的最佳背景校正
作者: aritro sinha roy
主题: 定量方法(q-bio.QM);化学物理(physics.chem-ph)

电子自旋共振(ESR)脉冲偶极光谱(PDS)用于蛋白质3D结构测定。然而,信号分析的准确性在很大程度上取决于背景校正过程。在这项工作中,我们在微摩尔浓度的典型冷冻样品中得出了双量子相干(DQC)ESR信号的功能形式,量化分子内和背景贡献。

[2] 必威精装版App西汉姆联arxiv:2106.15852[pdf]
标题:利用开放式电子产品在科学中的好处
评论:20页,3图,2表
主题: 定量方法(q-bio.QM)

自由和公开共享的低成本电子应用程序,即开放电子产品,已经引发了一场新的开放源代码运动,在推进科学研究方面有许多尚未开发的潜力。最初设计的目的是吸引电子爱好者,开放式电子产品已经形成了一个由“制造者”和发明家组成的全球社区,并越来越多地用于科学和工业。在这里,我们回顾了目前开放电子对科学研究的好处,并指导学术界进入这一新兴领域。我们讨论了从实验到理论科学的电子应用程序如何帮助(1)个体研究人员通过增加实验的定制化、效率和可伸缩性,同时提高数据的数量和质量;(二)提高科研机构获得和维护高端技术、知名度和跨学科合作潜力;(三)通过提高透明度和可重复性,帮助科研能力与资金脱钩,增加创新,提高科研人员和公众之间的合作潜力,从而促进科学界的发展。开放电子学是增强创造力、民主化和研究的可重复性的强大工具,从而为克服科学上的重大障碍提供了切实可行的解决方案。

[3] 必威精装版App西汉姆联arxiv:2106.15884[pdf其他]
标题:通过多项式化算法对杂物化算法编译为有限化学反应网络的基本数学函数
作者: 马修Hemery(救生藏),弗朗索瓦•(救生藏),Sylvain苏(救生藏)
杂志 - ref:第十九届系统生物学计算方法国际会议论文集,2021年9月,法国波尔多
主题: 定量方法(q-bio.QM)

连续化学反应网络(CRN)的图灵完整性结果表明,使用与大规模作用法动力学的大多数双分子反应,可以通过在有限的正式分子物种上通过CRN计算实际数字上的任何可计算功能。证据使用了通过多项式常微分方程(PODE)定义的功能的先前结果,通过两个分子种类之间的浓度差异和后端二次化转换来限制与基本反应的浓度差异在大多数两种反应物。本文介绍了二次时间复杂度的多项式化算法,以改变PODE中基本微分方程的系统。该算法用作前端变换,以将任何基本数学函数,时间或某些输入物种的任何基本的数学变换成有限CRN。我们说明了我们的编译器对基本函数的基准与数学函数指定的合成生物学中的CRN设计问题相关的基准。特别地,将订单5的山丘函数的编译获得的抽象CRN与MAPK信令网络的自然CRN结构进行比较。

[4] 必威精装版App西汉姆联arxiv:2106.16174[pdf其他]
标题:淋巴样肿瘤空间结构的层次表型和图形建模
评论:接受MICCAI2021
主题: 定量方法(q-bio.QM);计算机视觉与模式识别;机器学习(cs.LG);图像和视频处理(eess.IV)

肿瘤微环境(TME)中的细胞及其空间模式在肿瘤演进中起关键作用,但仍然是计算病理学中的被清算的话题。本研究据我们所知,是首先是混合本地和全球图表方法,以便概况编排和细胞组分的相互作用。为了解决TME中细胞类别尚不清楚的血管对映癌中的挑战,我们首先实施了细胞水平无监督的学习并确定了两个新的细胞亚型。通过考虑各个单元格的地理空间位置和类,为每个图像构建了本地单元格图或超级单元。然后,我们应用了SuperCell Level群集并确定了两个新的细胞社区。最后,我们构建了全局图,以抽象的空间交互模式和提取特征进行疾病诊断。我们评估了60例血管对肿瘤肿瘤患者的H + X型载玻片的提出算法,并进一步与基于三个细胞水平图形的算法相比,包括全球细胞图,簇细胞图和鸡群。该算法的平均诊断精度达到0.703,重复的5倍交叉验证方案。总之,我们的算法显示出对现有方法的卓越性能,并且可能潜在地应用于其他癌症类型。

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